О древностях Чебулинского района известно с конца XIX в. Первые сведения о курганах содержатся в неопубликованном дневнике известного археолога, этнографа и географа Д.А. Клеменца. В 1888 г. он зафиксировал курганы в районе сел Алчедат и Михайловка [Клеменц, 1888, л. 5]. Маршрут археологической разведки известного археолога и геолога Г.О. Оссовского в 1895 г. проходил по территории современного Чебулинского района. В частности, в окрестностях сел Чумайского, Верх-Чебулы, Алчедата и деревни Кураковой исследователем были зафиксированы курганные группы [Герман, 2013]
Районом интенсивных археологических исследований северо-восток Кемеровской области становится с 1956 г. Под руководством А. И. Мартынова осуществляются большие археологические исследования, в том числе полевые работы проходят в Чебулинском районе. С 1958 г. начались исследования первого археологического памятника гуннского времени в Кузбассе — курганы таштыкской культуры на р. Кие ус. Михайловка, Г. С. Мартыновой, которые были закончены в 1969 г [Кулемзин, Бородкин, 1989, с. 10, 11].
Во второй половине 60-х годов продолжаются интенсивные исследования на северо-востоке области. Предметом пристального изучения становятся памятники тагарской и таштыкской культур, а также переходного тагарско-таштыкского периода. В это время продолжаются раскопки таштыкского поселения у с. Михайловка. Полностью раскапываются крупные могильники тагарского и тагарско-таштыкского времени на речке у с. Шестаково.В результате было окончательно подтверждено представление о наличии большого количества тагарских памятников. Подтвержден статус северо-восточной лесостепной части Кемеровской области как своеобразного района тагарской культуры скифской эпохи.
В начале 70-х годов продолжаются раскопки крупных археологических объектов на северо-востоке области. Ведутся исследования Михайловского поселения. В это же время А. И. Мартынов и М. Б. Абсалямов приступают к исследованию единственного городища тагарского времени и переходного тагарско-таштыкского этапа ус. Шестаково [Кулемзин, Бородкин, 1989, с. 14, 15].
Убедившись в ценности и оригинальности археологических памятников, археологи Кемеровского педагогического института в эти годы начинают систематическое обследование лесостепных территорий северо-востока Кемеровской области, в частности средней Кии. Было установлено, что этот ландшафтно-географический район, насыщенный многочисленными археологическими памятниками различных временных периодов. В частности, было выявлено, что здесь имеются несколько крупных археологических комплексов: Алчедатский, Курск-Смоленский, Усть-Сертинский, Чумайский [Кулемзин, 1999] и наиболее значительный среди них – Шестаковский [Кулемзин, 1980]. Большинство памятников относятся к эпохе раннего железного века, тагарской и таштыкской культурам. Основные разведывательные работы были проведены А. М. Кулеминым. Им в районе с. Шестаково было выявлено около двухдесятков древних городищ, поселений, стоянок, три курганных группы [Кулемзин, Бородкин, 1989, с. 122–128]. В 1971–1979 гг. А. И. Мартыновым и М.Б. Абсалямовым было исследовано первое на юге Сибири укрепленное городище раннего железного века Шестаково I. Впервые был установлен тип жилища тагаро-таштыкской эпохи – это наземный четырехугольный бревенчатый дом. С 1979 по 1986 г. А. М. Кулемзиным были произведены раскопки многослойного (от раннего бронзовоговека до раннего Средневековья) городища Шестаково ХI. Были выявлены конструктивные особенности юртообразного жилища. В 1976 г. им же было раскопано два разрушенных силосной траншеей кургана могильника Шестаково II.
В 1974 г. А. М. Кулемзиным было открыто три памятника, относящихся к эпохе верхнего палеолита: две стоянки и клад каменных орудий – Шестаково VIII, ХI, Х. Найденное на Шестаково VIII двустороннее дисковидное ядрище из окремненного сидерита (орудие рубяще-режущего назначения) было отвезено в Новосибирск, в институт археологии СО АН СССР академику А. П. Окладникову. Он определил находку как уникальную и тут же выехал для установления условий ее нахождения, а на следующий год начал раскопки верхнепалеолитической стоянки Шестаково IХ. В результате исследования, которое было продолжено и завершено его учениками, сотрудниками института археологии (академиками А. П. Деревянко и В. И. Молодиным, доктором исторических наук В. Н. Зениным и палеонтологами С. В. Лещинским и Е. Н. Мащенко), было установлено, что Шестаковская позднепалеолитическая стоянка датируется временем около 25 тыс. лет назад [Деревянко и др., 2003].
В 1980-е годы разведочные работы в районе постепенно сокращаются, что было связано с концентрацией сил кафедры археологии Кемеровского госуниверситета на других объектах Кемеровской области и за ее пределами. Работы в Чебулинском районе продолжают сотрудники кафедры А.М. Кулемзин и А.М. Коротаев [Кулемзин, Бородкин, 1989, с. 113–128].
Продолжаются поиски А.М. Кулемзина на территории Шестаковского археологического комплекса: в 1982 г. им зафиксированы курганые могильники тагаро-таштыкского времени Курск-Смоленка I и II, поселения переходного тагаро-таштыкского времени Курск-Смоленка I и II, поселения позднетагарского времени Усть-ЧебулаI и II; в 1986 г. открыто поселение позднеташтыкского и раннесредневекового времени Шестаково XXI.
В 1982 г.А.М. Коротаевым зафиксирован одиночный курган позднетагарского времени у с. Дмитриевка, поселение переходного тагарско-таштыкского времени Чумай ХI, поселения тагарского времени КубаевоI-IV, одиночный курган раннего железного века Усть-Чебула.
С середины 1980-х гг. до конца первого десятилетия XXI в. археологические работы, за исключением мониторингов некоторых памятников, на территории Чебулинского района не производились.Современный этап изучения археологических памятников Чебулинского района связан с работами сотрудников лаборатории археологии ФИЦ УУХ СО РАН (г. Кемерово). В 2012 г. П.Г. Соколовым открыта стоянка Кожух I. Памятник датирован эпохой бронзы. В 2014 и 2015 гг. работы на Шестаковском археологическом комплексе проводил П.В. Герман. Были открыты стоянки раннего железного века Шестаково XXII и XXIII, произведены раскопки таштыкского склепа Шестаково III [Герман и др., 2014].
