Первые археологические разведки и раскопки у с. Шестаково и на прилегающих территориях были произведены в конце 50-х гг. ХХ в. А. И. Мартыновым. В 1958 г. начались исследования курганной группы гуннского времени на левобережье р. Кии у с. Михайловка, в этом же году были раскопаны четыре кургана тагарской культуры у с. Усть-Серта. Однако это были лишь рекогносцировочные работы с целью установления хронологической и культурной принадлежности многочисленных курганных групп в среднем течении р. Кии. Планомерные и систематические археологические исследования здесь начались в начале 1960-х гг. А. И. Мартыновым и Г. С. Мартыновой с участием (тогда еще студентов) В. В. Боброва и А. М. Кулемзина. В 1968 г. закончились раскопки курганной группы таштыкской культуры у с. Михайловка. В этом же году А. И. Мартыновым и А. М. Кулемзиным была полностью исследована курганная группа из 10 курганов у с. Шестаково, где было найдено глиняное скульптурное изображение головы погребенного человека – знаменитая «Таштыкская Неффертити».
Убедившись в ценности и оригинальности археологических памятников, археологи Кемеровского педагогического института в эти годы начинают систематическое обследование лесостепных территорий северо-востока Кемеровской области, в частности средней Кии. Было установлено, что это своеобразный ландшафтно-географический район, насыщенный многочисленными археологическими памятниками различных временных периодов. В частности, было выявлено, что здесь имеются несколько крупных археологических комплексов: Алчедатский, Курск-Смоленский, Усть-Сертинский, Чумайский и наиболее значительный среди них – Шестаковский. Большинство памятников относятся к эпохе раннего железного века, тагарской и таштыкской культурам. Основные разведывательные работы были проведены А. М. Кулеминым. Им в районе с. Шестаково было выявлено более двух десятков древних городищ, поселений, стоянок, три курганных группы. В 1971–1979 гг. А. И. Мартыновым и М. Б. Абсалямовым было исследовано первое на юге Сибири укрепленное городище раннего железного века Шестаково I. Впервые был установлен тип жилища тагарско-таштыкской эпохи – это наземный четырехугольный бревенчатый дом. С 1979 по 1986 г. А. М. Кулемзиным были произведены раскопки многослойного (от раннего бронзового века до раннего Средневековья) городища Шестаково ХI. Были выявлены конструктивные особенности юртообразного жилища. В 1976 г. им же было раскопано два разрушенных силосной траншеей кургана могильника Шестаково II.
В 1974 г. А. М. Кулемзиным было открыто три памятника, относящихся к эпохе верхнего палеолита: две стоянки и клад каменных орудий – Шестаково VIII, ХI, Х. Найденное на Шестаково VIII двустороннее дисковидное ядрище из окремненного сидерита (орудие рубяще-режущего назначения) было отвезено в Новосибирск академику А. П. и на следующий год начались раскопки верхнепалеолитической стоянки Шестаково IХ. В результате исследования, которое было продолжено и завершено его учениками, сотрудниками института археологии (академиками А. П. Деревянко и В. И. Молодиным, доктором исторических наук В. Н. Зениным и томскими палеонтологами С. В. Лещинским и Е. Н. Мащенко), было установлено, что Шестаковская позднепалеолитическая стоянка является одним из самых древнейших (около 40 тыс. лет) и ценнейших археологических памятников Западной и Южной Сибири.
В 2014 и 2015 гг. работы на Шестаковском археологическом комплексе проводил П.В. Герман. Были открыты стоянки раннего железного века Шестаково XXII и XXIII, произведены раскопки таштыкского склепа Шестаково III.
Мартынов Анатолий Иванович – доктор исторических наук, профессор Кемеровского гос. университета. Под его руководством производились исследования курганного могильника Шестаково I.
Кулемзин Анатолий Михайлович – доктор культурологии, профессор КемГУКИ. В результате его полевых работ были обнаружены большинство памятников в районе с. Шестаково.
Окладников Алексей Павлович – академик АН СССР, директор ИИФиФ СО АН СССР (г. Новосибирск). Руководил работами на палеолитической стоянке Шестаково-IX в 1975-1977 гг.
Деревянко Анатолий Пантелеевич – академик РАН, научный руководитель Института археологии и этнографии СО РАН (г. Новосибирск). Руководил работами на палеолитической стоянке Шестаково-IX в 1992-1999 гг.
Молодин Вячеслав Иванович – академик РАН, зам. директора Института археологии и этнографии СО РАН (г. Новосибирск). Руководил работами на палеолитической стоянке Шестаково-IX в 1975-1977 и 1992-1999 гг.
